Há relatos de pessoas que, ao iniciarem o Kombucha experimentam dores de cabeça, comichão, fraqueza, gases intestinais e náuseas. A maioria de sintomas foram aliviados bebendo mais água e nalguns casos --  tal como dores de cabeça por exemplo -- também diminuindo a quantidade Kombucha consumida diariamente.

Em caso de fraqueza, foi recomendado beberem o Kombucha da tarde mais cedo -- melhor que imediatamente antes de irem para a cama -- ou desteinarem o chá (ver como fazê-lo na secção dos chás).

Nos poucos relatos de coceira, normalmente beber mais água parece aliviá-la.

Não há nenhum relatório de verdadeira reação alérgica ao Kombucha, mas tal não é impossível. Se tiver a suspeita de" sensibilidade ou alergia alimentar " será avisado iniciar por beber uma colher por dia de Kombucha, para ver se desenvolve alguma sensibilidade, só depois de estabelecer que não é sensível aumentar a sua toma.

Se mesmo assim algumas manifestações irregulares continuarem, sugiro que pare de beber o Kombucha por alguns dias para ver se param, e só depois iniciar outra vez mais lentamente -- bebendo somente 1 a 3 c. sopa (=10 a 30 ml) por dia e começar a aumentar gradualmente.

A maioria dos sintomas adversos são devidos ao excesso de consumo sem o adequado aumento de consumo de água (cuja Dose Diária Recomendada é de 2 lt por dia).
Este informação é simplesmente para eliminar algum efeito indesejado e não se assustar com uma “crise curativa”, natural no processo de limpeza.

Muitos diabéticos relatam não ter absolutamente nenhum problema em beber o Kombucha, alguns podem necessitar ajustar o consumo de açúcar, ou a insulina para compensar. Um teste de laboratório recente confirmou um valor do açúcar de 1,65 gramas por onça (32 ml) de Kombucha fermentado durante 15 dias.

Para reduzir o índice do açúcar deve fermentar por um período de tempo mais longo (1-3 dias) donde resultará numa bebida mais acida (avinagrada) que algumas pessoas podem não gostar.

Verificou-se que não existe nada perigoso para as crianças no Kombucha.Os pais devem utilizar o bom senso com respeito ao que pode permitir a seus filhos comer ou beber. É bom para os adolescentes com acne. Há quem não o recomende às crianças antes da puberdade mas não há nenhuma razão (exceto talvez a cafeína – ver como desteinar o chá) para isso, sugerindo-se no entanto que (como qualquer medicamento) que as quantidades sejam adaptadas à idade, no máximo de 60 ml por dia por cada ano e que as tomas iniciais sejam proporcionalmente reduzidas (1/3 na 1ª semana, 2/3 na 2ª).

A maioria das pessoas sente que seria uma ideia boa esperar até que a criança desmame antes de começar beber o Kombucha. Não se recomendando iniciar o Kombucha na gravidez ou neste período, há no entanto antigas consumidoras que relatam não terem ter tido problemas (elas ou o bebé) em continuarem o consumo a que já estavam habituadas antes desses períodos

Alguns experimentam este problema. Em geral dura uma semana mais ou menos e para, no entanto se reduzir a quantidade de chá consumido, alivia o problema.

É muito importante:

• Lavar bem as mãos com água e sabão (ou detergente biológico) antes de manejar a cultura de Kombucha, para que as bactérias estranhas e o mofo não contaminem seu chá ou Kombucha em fermentação, ou o uso de luvas cirúrgicas descartáveis.
• Lavar todas os utensílios e equipamentos com água quente com detergente (biológico) e enxugá-los completamente com água fervida ou muito quente.
• Não coloque a cultura de Kombucha numa tabua de madeira porosa que tenha utilizado para cortar frango ou produtos animais pois são muito difíceis de desinfectar e uma fonte comum de salmonelas e outros organismos patogênicos que provocam envenenamento.

Não faça um jejum com Kombucha sem beber grandes quantidades de água ou poderia provocar-se um sério transtorno, pois precisa dela para lavar as toxinas que o Kombucha ajuda a neutralizar e para substituir os fluidos perdidos durante a respiração, etc.

Use o sumo de limão.

É aconselhável esterilizar os recipientes antes de utilizá-los, mas falando de maneira prática, isto não é fácil, nem todo o vidro é resistente ao calor. Se lavar com água quente e detergente biológico enxugar muito bem com água quente (com 3 c.sopa= 30 ml de vinagre esterilizado, nunca biológico) , isto é suficiente.